AT5G42590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative cytochrome P450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 16 (CYP71A16); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, monooxygenase activity, iron ion binding, oxygen binding, heme binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: root, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 20 (TAIR:AT4G13310.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17031217..17033640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55630.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 497 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEMMILISLC LTTFLTILLF FKSLLKRPNS NLPPSPWRLP VIGNLHQLSL HPHRALSSLS ARHGPLMLLR FGRVPVLIVS SADVAHDVMK THDLKFANRP 101: ITKSAHKISN GGRDLVFAPY GEYWRNVKSL CTIHLLSNKM VQSSEKRREE EITLLMETLE EASLSSSSVN LSKLITNMVS DIMGKVVLGK KYSGEEGTID 201: VKTITKSFLD AVGLSPVGEY IPSLAWIGKI TGSDGKLEKI TKQFGDFIEK VLQEHEDTTA DKETPDFVDM LLTIQRDETA QCQLDKSDLK VIIFEMFLGS 301: TTTTSAVIEW AMTRLMRNPE CLKKLQDEIR SVSKMNSYVS GKEVENMNYL KAVIKEVLRL HPPLPLLVPR LLSEDVKLKG YDITAGTQVI INAWAIQRDT 401: ATWGSDAQEF RPERHFDSTW DFVGRNFKYI PFGAGRRLCP GIGLGSVMAS VTLANLVKRF DWRVEDGPSG YDKPDLVEGA GIDVCRKFPL VVFPSSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)