AT3G56960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: cytosol,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidyl inositol monophosphate 5 kinase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity that plays a role in pollen tip growth. The enzyme localizes to the apical plasma membrane and adjacent cytosolic region of pollen tubes. Overexpression of this gene leads to increased deposition of pectin in the cell wall at the tip of the pollen tube and causes altered pollen tube morphology. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidyl inositol monophosphate 5 kinase 4 (PIP5K4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core, subgroup (InterPro:IPR016034), Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, plant (InterPro:IPR017163), MORN motif (InterPro:IPR003409), Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core (InterPro:IPR002498); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylinositol- 4-phosphate 5-kinase 5 (TAIR:AT2G41210.1); Has 27454 Blast hits to 7705 proteins in 602 species: Archae - 2; Bacteria - 4208; Metazoa - 4073; Fungi - 443; Plants - 2320; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21080957..21083885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89243.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 779 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKEQSCVLK AWEVTVRKTQ QAKKRANSIF GTVSVAPQTD DDATTTTEEN DDETSTNRSS IGELYHAERI LPNGDYYTGQ WYDSFPHGHG KYLWTDGCMY 101: IGDWYNGKTM GRGKFGWPSG ATYEGEFKSG YMDGVGLYTG PSGDTYKGQW VMNLKHGHGI KRFANGDVYD GEWRRGLQEA QGKYQWRDGS YYMGEWKNAT 201: ICGKGTFIWT DGNRYDGFWD DGFPRGNGTF KWADGSFYVG HWSNDPEEMN GTYYPSGDDG SPEWDPKDVF TNLSEYKICS GERVPVLPSQ KKLSVWNSSK 301: RVEKPRRMSV DGRVSVGVDR AFEKMNMWGT ESGEGAADID STTRRDLDAE MMRLEAEGFI QSLRPSPAPM RLPRAGRKQG ETISKGHRNY ELMLNLQLGI 401: RHAVGKQAPV VSLDLKHSAF DPKEKVWTRF PPEGTKYTPP HQSSEFKWKD YCPLVFRSLR KLFKVDPADY MLSICGNDAL RELSSPGKSG SFFYLTNDDR 501: YMIKTMKKSE TKVLLRMLAA YYNHVRAFEN TLVIRFYGLH CVKLTGPIQK KVRFVIMGNL FCSEYSIHRR FDLKGSSLGR TTDKPESEIN SNTILKDLDL 601: NFIFRLQKAW YQEFIRQVDK DCEFLEQERI MDYSLLVGIH FREASVAGEL IPSGARTPIG EFEDESAPRL SRADVDQLLS DPTRWASIRL GGNMPARAER 701: TMRRSDCEFQ LVGEPTGEYY EVVMIFGIID ILQDYDISKK LEHAYKSIQY DPTSISAVDP RLYSRRFRDF IFKVFTEDN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)