AT5G06620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain protein 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SET domain protein 38 (SDG38); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ASH1-related protein 2 (TAIR:AT2G19640.2); Has 1397 Blast hits to 1391 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 497; Fungi - 314; Plants - 290; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 293 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2033780..2036143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36136.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRLALNRYS RCFSRLKTLT TPLFFSSSAA SNRDGDYQIG PPPIRVGLTE SAGRAVFATR KIGAGDLIHT AKPVVACPSL LKLDSVCYLC LKKLMGSAKF 101: EDRGVSYCSQ ECQENSKGFL DVETRADWSS FDDYCRTHNF KYPLMVKRLC CMIISGARPA DCLDILQPAV LSSEMISKIE DGYGLLWNAF RKANFKDDDV 201: AFLTKQWYTA ILARIRINAF RIDLVGGSCG EDLLSLAAAS VEGEGAVGHA VYMLPSFYNH DCDPNAHIIW LHNADARLNT LRDVEEGEEL RICYIDASMG 301: YEARQTILSQ GFGFLCNCLR CQSTD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)