AT5G04920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.500 vacuole 0.500 ASURE: golgi,vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EAP30/Vps36 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EAP30/Vps36 family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EAP30 (InterPro:IPR007286), Vacuolar protein sorting protein, Vps36 (InterPro:IPR021648); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1439172..1441545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49036.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASGSSSIAI GGLFENAEVT TSGRPVLRRN EVECFLLSSI DIDSEDDPPR FTALRSGNLI LTTHRLIWIP SQSNESVPSS IPLSAVTHIY SHKKSIKSMF 101: HSPRIRFQAD PGSIVVTIVF RGKGDFDGFL SKLWECWRGR AWEEEEKSES ETSKSGSGTV AQGLYGNDGT VRMVGLAGIL RKEQEQWEST DKSLQDAFQD 201: LNALMSKAKE MVSLAEKMRQ KLLSAPSSQN GSTDDEEMGS KEEMQQWMLS VGIISPVTKE SAGALYHQEL SRQLADFVRI PLEKAGGMIS LTDMYYHFNR 301: ARGTELISPD DLWQACTLWE KFDVPVMLRK FDSGVMVIQN KSHSDEEVMS RIRMLVTKTE TLRVGVTASD AALTLKIAPA MAKEHLLSAE TKGLLCRDMS 401: PDGLRFYFNL FPEIDPTNLH IVKEFGTYGE WIKATSLLSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)