AT2G06530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.634 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF7 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS2.1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vacuolar protein sorting-associated protein 2.3 (TAIR:AT1G03950.1); Has 2524 Blast hits to 2516 proteins in 271 species: Archae - 17; Bacteria - 20; Metazoa - 1106; Fungi - 512; Plants - 555; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 309 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:2588740..2590285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25293.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 225 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMNSIFGKRK TPAELLRENK RMLDKSIREI ERERQGLQTQ EKKLINEIKK TAKQGQMGAV KVMAKDLIRT RHQIEKFYKL KSQLQGVSLR IQTLKSTQAM 101: GEAMKGVTKA MGQMNRQMNL PSLQKIMQEF ERQNEKMEMV SEVMGDAIDD ALEGDEEEEE TEDLVSQVLD EIGIDINQEL VNAPSGAVAV PAAKNKVVQA 201: EATGAEDSGG IDSDLQARLD NLRKM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)