AT1G62290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Saposin-like aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Saposin-like aspartyl protease family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, lipid metabolic process; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible, seedling growth, petal differentiation and expansion stage, LP.08 eight leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Saposin-like (InterPro:IPR011001), Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Saposin-like type B, 1 (InterPro:IPR007856), Saposin-like type B, 2 (InterPro:IPR008138), Saposin B (InterPro:IPR008139), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartic proteinase A1 (TAIR:AT1G11910.1); Has 7282 Blast hits to 5100 proteins in 420 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 4064; Fungi - 1685; Plants - 579; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 948 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23010107..23012681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55751.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 513 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVYSRAVAF SVFVSFLLFF TAYSKRNDGT FRVGLKKLKL DPNNRLATRF GSKQEEALRS SLRSYNNNLG GDSGDADIVP LKNYLDAQYY GEIAIGTPPQ 101: KFTVIFDTGS SNLWVPSGKC FFSLSCYFHA KYKSSRSSTY KKSGKRAAIH YGSGSISGFF SYDAVTVGDL VVKDQEFIET TSEPGLTFLV AKFDGLLGLG 201: FQEIAVGNAT PVWYNMLKQG LIKRPVFSFW LNRDPKSEEG GEIVFGGVDP KHFRGEHTFV PVTQRGYWQF DMGEVLIAGE STGYCGSGCS AIADSGTSLL 301: AGPTAVVAMI NKAIGASGVV SQQCKTVVDQ YGQTILDLLL AETQPKKICS QIGLCAYDGT HGVSMGIESV VDKENTRSSS GLRDAGCPAC EMAVVWIQSQ 401: LRQNMTQERI VNYINEICER MPSPNGESAV DCSQLSKMPT VSFTIGGKVF DLAPEEYVLK IGEGPVAQCI SGFTALDIPP PRGPLWILGD VFMGKYHTVF 501: DFGNEQVGFA EAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)