AT3G12203.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.984 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 17 (scpl17); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 16 (TAIR:AT3G12220.1); Has 3617 Blast hits to 3541 proteins in 365 species: Archae - 0; Bacteria - 182; Metazoa - 630; Fungi - 840; Plants - 1564; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 401 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3891357..3893956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49507.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKECYYLSW ILKFHLLLVL IQLVDSGSTI RFLPGFQGPL PFELETGYIG VGEAEKDQMF YYFIKSESNP EKDPLLLWLS GGPFCSSFTA LIYENGPIAF 101: KAEEYNGSIP SLVSTTYAWT KVASILYLDQ PVGTGFSYSR NPLADIPSDT GVAKPVNEFL HKWLDKHPEF LSNPLYVAGN SYSGIVIPTI VQEISNGNHL 201: DSKPQINLQG FVLGNPATDT DIDLNSRIPF AHGKALISDE HYESLKRSCQ GNYISVNPRN TKCLKLLEDF KKCVSGISEE YILKPDCMWL YSCMANLHSL 301: SEYWANEKSV RKALLVNEGT VRKWIRCNTE IAYNKDIRSS VPYHKYISIE GYRSLVFSGD HDMLVPFLGT QAWIRSLNYS IVDDWRPWMV QNQVAGYTRT 401: YANKMTFATV KGGGHTSEYK PVETYIMIKR WLSGQPL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)