AT5G57440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
a member of haloacid dehalogenase-like hydrolase family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GS1; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (InterPro:IPR005834), HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (InterPro:IPR006402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycerol-3-phosphatase 1 (TAIR:AT4G25840.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23271518..23272900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26781.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNPAAVTAG RGSITHVIFD MDGLLLDTEK FYTEVQEIIL ARFNKKFDWS LKAKMMGRKA IEAARIFVEE SGISDSLSAE DFLVERESML QDLFPTSELM 101: PGASRLIKHL HVKNIPICIA TGTHTRHYDL KTQRHRELFS LMHHVVRGDD PEVKQGKPAP DGFLAAARRF KDGPVDSQKV LVFEDAPSGV LAAKNAGMNV 201: VMVPDPRLDI SHQDVADQII TSLVDFKPEE WGLPPFEDSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)