AT3G12400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Mutants of this gene were initially identified because of the trichome morphogenesis phenotype. Those trichomes have multiple nuclei, a defect that turns out not to be restricted to the trichomes but also in all endoreduplicating cell types. This gene encodes a ubiquitin-binding protein with sequence similarities with yeast proteins that are components of the ESCRTI-III complexes. The Arabidopsis protein is found associated with the endosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ELC; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Tumour susceptibility gene 101 (InterPro:IPR008883), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608), Steadiness box (InterPro:IPR017916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ELCH-like (TAIR:AT5G13860.1); Has 587 Blast hits to 537 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 278; Fungi - 177; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3944600..3945796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44718.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 398 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVPPPSNPQQ VQQFLSSALS QRGPSSVPYE ESNKWLIRQH LLNLISSYPS LEPKTASFMH NDGRSVNLLQ ADGTIPMPFH GVTYNIPVII WLLESYPRHP 101: PCVYVNPTAD MIIKRPHAHV TPSGLVSLPY LQNWVYPSSN LVDLVSDLSA AFARDPPLYS RRRPQPPPPS PPTVYDSSLS RPPSADQSLP RPFPPSPYGG 201: GVSRVQVQHV HHQQQSDDAA EVFKRNAINK MVEMVHSDLV SMRRAREAEA EELLSLQAGL KRREDELNIG LKEMVEEKET LEQQLQIISM NTDILDSWVR 301: ENQGKTKNLV DLDVDNAFEC GDTLSKQMLE CTALDLAIED AIYSLDKSFQ DGVVPFDQYL RNVRLLSREQ FFHRATGSKV RAAQMEVQVA AIAGRLHS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)