AT1G11870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Seryl-tRNA synthetase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Seryl-tRNA synthetase targeted to chloroplasts and mitochondria. Its inactivation causes developmental arrest of chloroplasts and mitochondria in Nicotiana benthamiana. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Seryl-tRNA synthetase (SRS); FUNCTIONS IN: serine-tRNA ligase activity; INVOLVED IN: chloroplast organization, mitochondrion organization, seryl-tRNA aminoacylation, tRNA aminoacylation, ovule development; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA-binding arm (InterPro:IPR010978), Seryl-tRNA synthetase, class IIa, N-terminal (InterPro:IPR015866), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Seryl-tRNA synthetase, class IIa (InterPro:IPR002317), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Seryl-tRNA synthetase, class IIa, C-terminal (InterPro:IPR018156); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: seryl-tRNA synthetase / serine--tRNA ligase (TAIR:AT5G27470.1); Has 12332 Blast hits to 12318 proteins in 2877 species: Archae - 222; Bacteria - 6777; Metazoa - 382; Fungi - 307; Plants - 156; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4488 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4003895..4006556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57184.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 512 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLHKLRLAA AVPVTFSSRL FLKPFTNTLT LGLFSRHLQP RNKPLLVRAF SASAAVQDIP ATQTSDSSAR PLWKAAIDFK WIRDNKEAVE INIRNRNSNA 101: NLEAVLQLYE NMVNLQKEVE RLREERNNVA KKMKGKLEPS ERERLVEEGK NLKESLVTLE EDLVKLKDEL QHVAQSIPNM THPDVPVGGE DSSAIRQEVG 201: SPREFSFPIK DHLQLGKDLD LIDFDSAAEV SGSKFFYLKN EAVLLEMALL NWTLSQVMKK GYTPLTTPEI VRSSIVEKCG FQPRGDNTQV YSIDGTDQCL 301: IGTAEIPVGG IHMDSILLES ALPLKYIAFS HCFRTEAGAA GAATKGLYRV HQFSKAEMFV ICQPEDSESF HQELIQIEED LFTSLGLHFK TLDMATADLG 401: APAYRKFDIE AWMPGLGRFG EISSASNCTD YQSRRLGIRY RPSEPPQTGP KKGKANLPAT KFVHTLNATA CAVPRMMVCL LENYQQEDGS VVIPEPLRPF 501: MGGIELIKPK HK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)