AT5G56950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nucleosome assembly protein 1;3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of a small gene family of proteins with similarity to nucleosome assembly proteins.May function in nucleotide excision repair. Loss of function mutations have no obvious visible phenotypes but do seem to affect transcription of NER related genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nucleosome assembly protein 1;3 (NAP1;3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleosome assembly protein (NAP) (InterPro:IPR002164); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleosome assembly protein1;1 (TAIR:AT4G26110.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23032618..23035299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43295.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNDKDSFNV SDLTSALKDE DRAGLVNALK NKLQNLAGQH SDVLENLTPK IRRRVEVLRE IQGKHDEIET KFREERAALE AKYQKLYQPL YNKRYEIVNG 101: ATEVEGAPED AKMDQGDEKT AEEKGVPSFW LTALKNNDVI SEEITERDEG ALIYLKDIKW CKIEEPKGFK LEFFFDQNPY FKNTLLTKAY HMIDEDEPLL 201: EKAIGTEIDW YPGKCLTQKI LKKKPKKGAK NAKPITKTED CESFFNFFNP PQVPDDDEDI DEERAEELQN LMEQDYDIGS TIREKIIPHA VSWFTGEAIE 301: GEEFEIDNDD EDDIDEDEDE DEEDEDEDEE EDDEDEEEEV SKTKKKPSVL HKKGGRPQVT DDQQGERPPE CKQQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)