AT3G12690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.965 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : AGC kinase 1.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative serine/threonine kinase It is expressed specifically in pollen and appears to function redundantly with AGC1.7 to regulate polarized growth of pollen tubes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGC kinase 1.5 (AGC1.5); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: pollen tube growth, unidimensional cell growth; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGC kinase 1.7 (TAIR:AT1G79250.2); Has 111833 Blast hits to 95913 proteins in 3807 species: Archae - 52; Bacteria - 13852; Metazoa - 43173; Fungi - 12446; Plants - 21680; Viruses - 366; Other Eukaryotes - 20264 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4030596..4032400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63771.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLASKKNTA NVGSKEIDPI KPKSPRSSLS PFSLKLGDNV PRNPHFDPKK MDPLVKHQPP KSLEPPPSTR GTNSEGDLKH NTYSSDGDSL AMRKNAPKNL 101: HYDPKKIVPL TTSETYSPSA RNHHHHRTKS PDKKRAPRHN GDYAYGDNLV GPSAQPFKPH TGGDVRWDAI NSIASKGPQI GLDNFRLLKR LGYGDIGSVY 201: LADLRGTNAV FAMKVMDKAS LASRNKLLRA QTEREILSLL DHPFLPTLYS YFETDKFYCL VMEFCSGGNL HSLRQKQPSR RFTEEAARFY ASEVLLALEY 301: LHMLGVVYRD LKPENILVRD EGHIMLSDFD LSLRCTFNPT LVKSSSVCSG GGAILNEEFA VNGCMHPSAF LPRLLPSKKT RKAKSDSGLG GLSMPELMAE 401: PTDVRSMSFV GTHEYLAPEI IRGEGHGSAV DWWTFGIFLY ELLHGTTPFK GQGNRATLHN VVGQPLKFPD TPHVSSAARD LIRGLLVKDP HRRIAYTRGA 501: TEIKQHPFFE GVNWALVRSA APPHIPDPVD LGPYAAARGK TKSHGGGDHC NSMKPEPLVA CAAGPTDDTA YIDFEYF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)