AT1G12220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Resistance gene, mediates resistance against the bacterial pathogen Pseudomonas syringae. Contains a putative nucleotide binding site composed of kinase-1a (or P-loop), kinase-2a, and putative kinase-3a domains, 13 imperfect leucine-rich repeats, a potential leucine zipper, and two uncharacterized motifs that are well conserved in products of previously isolated R genes. Confers resistance to Pseudomonas syringae strains that express avrPphB. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESISTANT TO P. SYRINGAE 5 (RPS5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat-containing protein (InterPro:IPR015766), NB-ARC (InterPro:IPR002182), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LRR and NB-ARC domains-containing disease resistance protein (TAIR:AT1G12280.1); Has 17406 Blast hits to 16115 proteins in 670 species: Archae - 23; Bacteria - 856; Metazoa - 2611; Fungi - 230; Plants - 13400; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 286 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4145011..4147680 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 101808.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 889 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGCFSVSLP CDQVVSQFSQ LLCVRGSYIH NLSKNLASLQ KAMRMLKARQ YDVIRRLETE EFTGRQQRLS QVQVWLTSVL IIQNQFNDLL RSNEVELQRL 101: CLCGFCSKDL KLSYRYGKRV IMMLKEVESL SSQGFFDVVS EATPFADVDE IPFQPTIVGQ EIMLEKAWNR LMEDGSGILG LYGMGGVGKT TLLTKINNKF 201: SKIDDRFDVV IWVVVSRSST VRKIQRDIAE KVGLGGMEWS EKNDNQIAVD IHNVLRRRKF VLLLDDIWEK VNLKAVGVPY PSKDNGCKVA FTTRSRDVCG 301: RMGVDDPMEV SCLQPEESWD LFQMKVGKNT LGSHPDIPGL ARKVARKCRG LPLALNVIGE AMACKRTVHE WCHAIDVLTS SAIDFSGMED EILHVLKYSY 401: DNLNGELMKS CFLYCSLFPE DYLIDKEGLV DYWISEGFIN EKEGRERNIN QGYEIIGTLV RACLLLEEER NKSNVKMHDV VREMALWISS DLGKQKEKCI 501: VRAGVGLREV PKVKDWNTVR KISLMNNEIE EIFDSHECAA LTTLFLQKND VVKISAEFFR CMPHLVVLDL SENQSLNELP EEISELASLR YFNLSYTCIH 601: QLPVGLWTLK KLIHLNLEHM SSLGSILGIS NLWNLRTLGL RDSRLLLDMS LVKELQLLEH LEVITLDISS SLVAEPLLCS QRLVECIKEV DFKYLKEESV 701: RVLTLPTMGN LRKLGIKRCG MREIKIERTT SSSSRNKSPT TPCFSNLSRV FIAKCHGLKD LTWLLFAPNL TFLEVGFSKE VEDIISEEKA EEHSATIVPF 801: RKLETLHLFE LRGLKRIYAK ALHFPCLKVI HVEKCEKLRK LPLDSKSGIA GEELVIYYGE REWIERVEWE DQATQLRFLP SSRWRWRET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)