AT4G14040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : selenium-binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
selenium-binding protein 2 (SBP2); FUNCTIONS IN: selenium binding; INVOLVED IN: polar nucleus fusion; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: guard cell; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, C-terminal haem d1 (InterPro:IPR011048), Selenium-binding protein (InterPro:IPR008826); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: selenium-binding protein 1 (TAIR:AT4G14030.2); Has 907 Blast hits to 897 proteins in 207 species: Archae - 39; Bacteria - 194; Metazoa - 215; Fungi - 0; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 379 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8100691..8102828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53940.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATETVLATA VSNGKSKGCC KSGPGYATPL AAMAGPREKL IYVTALYSGT GRDKPDYLAT VDVDPSSPTF SSVIHRLKMP YIGDELHHTG WNSCSSCHGD 101: ASADRRYLVL PGLISGRIYA IDTKTDPKAP SLYKVVEPKE IAEKTGLAFP HTSHCLASGD MLVSCLGDKE GNAKGNGFLL LDSDFNVKSR WDKPGHGPLF 201: GYDFWYQPRF KTMISTSWGA PKAFSKGFNL QHVADGLYGS HLHIYQWPEG EMKQIIDLGN TGLLPLEIRF LHDPSKDTGY VGSALSSNMI RFFKNSDDTW 301: SHEVVISVKP LKVENWILPE MPGLITDFLI SLDDRFFYFV NWLHGDIRQY NIEDPKNPVL TGQIWVGGLL QKGSPYKAVG EDGNTYQFDV PQIKGKSLRA 401: GPQMIQLSLD GKRLYATNSL FSAWDRQFYP EIMEKGSHII QIDVDTDKGG LTLNPDFFVD FGDEPDGPAL AHEMRYPGGD CTSDIWI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)