AT1G16410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome p450 79f1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of CYP79F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome p450 79f1 (CYP79F1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome P450, family 79, subfamily F, polypeptide 2 (TAIR:AT1G16400.1); Has 27252 Blast hits to 27093 proteins in 1494 species: Archae - 44; Bacteria - 2170; Metazoa - 10673; Fungi - 5027; Plants - 8510; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 828 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5608862..5611118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61699.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 538 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSFTTSLPY PFHILLVFIL SMASITLLGR ILSRPTKTKD RSCQLPPGPP GWPILGNLPE LFMTRPRSKY FRLAMKELKT DIACFNFAGI RAITINSDEI 101: AREAFRERDA DLADRPQLFI METIGDNYKS MGISPYGEQF MKMKRVITTE IMSVKTLKML EAARTIEADN LIAYVHSMYQ RSETVDVREL SRVYGYAVTM 201: RMLFGRRHVT KENVFSDDGR LGNAEKHHLE VIFNTLNCLP SFSPADYVER WLRGWNVDGQ EKRVTENCNI VRSYNNPIID ERVQLWREEG GKAAVEDWLD 301: TFITLKDQNG KYLVTPDEIK AQCVEFCIAA IDNPANNMEW TLGEMLKNPE ILRKALKELD EVVGRDRLVQ ESDIPNLNYL KACCRETFRI HPSAHYVPSH 401: LARQDTTLGG YFIPKGSHIH VCRPGLGRNP KIWKDPLVYK PERHLQGDGI TKEVTLVETE MRFVSFSTGR RGCIGVKVGT IMMVMLLARF LQGFNWKLHQ 501: DFGPLSLEED DASLLMAKPL HLSVEPRLAP NLYPKFRP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)