AT5G06550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase (InterPro:IPR003347), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Transcription factor jumonji (InterPro:IPR013129); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transferases, transferring glycosyl groups (TAIR:AT1G78280.1); Has 1762 Blast hits to 1747 proteins in 292 species: Archae - 0; Bacteria - 297; Metazoa - 877; Fungi - 168; Plants - 221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 199 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2001246..2003068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57422.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 502 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPKCKNLLLT SKRRKSKSKR LKLHQHEPES LFPEKEVEEE DEDEGGFKLK IAAPSQEHGV QPLGNLYFNP GAVNVRNTGL GNLQILSDEL VLDILGLLGA 101: NHLGVLATVT KSFYIFANHE PLWRNLVLEE LKGDFLFNGS WRSTYVAAYH PKFKFAGDGE SNLKIIDFYS DYLFQSWLCA NLEMKPKWLR RDNITRVRGI 201: SVEDFITKFE EPNKPVLLEG CLDGWPAIEK WSRDYLTKVV GDVEFAVGPV EMKLEKYFRY SDGAREERPL YLFDPKFAEK VPVLDSEYDV PVYFREDLFG 301: VLGNERPDYR WIIIGPAGSG SSFHIDPNST SAWNAVITGS KKWVLFPPDV VPPGVHPSPD GAEVACPVSI IEWFMNFYDD TKDWEKKPIE CICKAGEVMF 401: VPNGWWHLVI NLEESIAITQ NYASRSNLLN VLEFLKKPNA KELVSGTTDR ENLHDKFKKA IEEAYPGTIQ ELEKKAEEAK RAEEQRVSFW DSAKTDTFKF 501: SF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)