AT4G36480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : long-chain base1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the LCB1 subunit of serine palmitoyltransferase. Together with the LCB2 subunit, forms a functional serine palmitoyltransferase complex, which catalyzes the first reaction of sphingolipid biosynthesis. Knockout of LCB1 was embryo lethal. Partial suppression of LCB1 expression led to smaller plants due to reduced cell expansion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
long-chain base1 (LCB1); FUNCTIONS IN: protein binding, serine C-palmitoyltransferase activity; INVOLVED IN: cell growth, sphingolipid biosynthetic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long chain base2 (TAIR:AT5G23670.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17218598..17221124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53143.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNLVEMFN AALNWVTMIL ESPSARVVLF GVPIRGHFFV EGLLGVVIII LLTRKSYKPP KRPLTEQEID ELCDEWVPEP LIPPITEDMK HEPPVLESAA 101: GPHTTVNGKD VVNFASANYL GLIGHEKLLE SCTSALEKYG VGSCGPRGFY GTIDVHLDCE TRISKFLGTP DSILYSYGLS TMFSTIPCFC KKGDVIVADE 201: GVHWGIQNGL QLSRSTIVYF KHNDMESLRI TLEKIMTKYK RSKNLRRYIV AEAVYQNSGQ IAPLDEIVKL KEKYRFRVIL DESNSFGVLG RSGRGLAEHH 301: SVPIEKIDVV TAAMGHALAT EGGFCTGNAR IIDYQRLSSS GYVFSASLPP YLASAAITAI DVIDQNPDML VKLKQNVALL WKGLSDIKGM SLTSNRESPI 401: VFLKLEKSSG SAKDDLLLLE KMADRALKED SLLVVSSKRS FLDKCRLPVG IKLYVSAGHS ESDLLKASES LKRLASELLL KS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)