AT4G28040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.981 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF6, transmembrane (InterPro:IPR000620); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein (TAIR:AT4G30420.1); Has 2230 Blast hits to 2223 proteins in 427 species: Archae - 12; Bacteria - 797; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 1207; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13940881..13942201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39349.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 359 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEISKYKAVL ALVMLQFTSA GVALFTKAAF MEGLNPTVFV VYRQAIATLF ICPISFISAW RKENKPSLGV RGFWWVALTA VIGVTVNQNA YFKGIDLSSS 101: SMACAMTNLI PAVTFIISII VGFESIKRRS MKSVAKVIGT GVCVGGAMAM TFLRGPKLLN ALLNQDNTAW LLGCFFLLIS TFAWSLWLIL QVPIASHCPD 201: HLYTSACTCF IATIASFLVA LALGNTHLPP WKLDSFLKLS CCIYSGFQLA ISFFLQAWIV SQKGPVFSAL FNPLSAVIVT FFGALYLKEQ TYLGSLLGAL 301: AIILGLYIVL WGKSEDYQEE STDLKLENEH NTSSQSDIVS IMIGDKAFRS SELLEPLLM |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)