AT3G20660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : organic cation/carnitine transporter4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
organic cation/carnitine transporter4 (4-Oct); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, membrane; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pseudogene (TAIR:AT1G73220.1); Has 27723 Blast hits to 27519 proteins in 2032 species: Archae - 544; Bacteria - 15020; Metazoa - 4940; Fungi - 4480; Plants - 1745; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 994 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7225271..7228510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57505.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 526 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESPEDRNGN DVRQPLLEKI PVKKEAEGEE RLCIDEMLQR YCGEFGRWQL KHFVLTCIAW ALEAFHTMVM IFADQEPEWR CVGSDCRVGS LNCELDPSSW 101: EWTAGKGSST VSEWGLICGD KYKVGLVQAL FFAGCMIGAG VFGHLSDSKL GRKGSLTVVC IINAIFGIAT AFSPNYWTYV VLRFLTGFST GGVGLTAFVL 201: ATEPIGPSKR GVAGMSTFYF FSAGIAVLSG IAYVFRSWRE LFIVSSLPSL LFLLIVIPFI SESPRWYLVR GKVDEAMKLM HSIAKTNGRH IPAGVTLALD 301: DDVENNNGER NTAVEGSLKD VILSPLMRMR LVISVAISFT VSIVYYGLSL NVGNLKTNLY LNVFVNAVSE MPAFAITAVL LDKYGRKPLS IGTQWFSCVF 401: CLVGFSVWGA GPWKSVRMVS GVLGIFGMAG TYNLLFIYIA ELFPTVVRNA ALGCATQAAQ MGAILAPFVV VLGEELPFGV FAVCGLVGGG LAFYLPETLN 501: KPLYDTMFGM HEAESESNRE RGEVIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)