AT4G22930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyrimidin 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes dihydroorotase (PYR4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyrimidin 4 (PYR4); FUNCTIONS IN: dihydroorotase activity; INVOLVED IN: 'de novo' pyrimidine base biosynthetic process, pyrimidine base biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dihydroorotase, conserved site (InterPro:IPR002195), Dihydroorotase homodimeric type (InterPro:IPR004721), Amidohydrolase 1 (InterPro:IPR006680); Has 3373 Blast hits to 3371 proteins in 1108 species: Archae - 32; Bacteria - 2225; Metazoa - 2; Fungi - 146; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 914 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12019315..12021200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41952.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 377 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIKTLVSPYS GFGSQKLKFD RSSEKVKTRA VRMELTITQP DDWHLHLRDG DLLHAVVPHS ASNFKRAIVM PNLKPPVTST AAAIIYRKFI MKALPSESSF 101: DPLMTLYLTD KTLPEEIRLA RESGVVYAVK LYPAGATTNS QDGVTDLFGK CLPVLEEMVK QNMPLLVHGE VTDPSIDVFD REKIFIETVL QPLIQRLPQL 201: KVVMEHITTM DAVNFVESCK EGSVGATVTP QHLLLNRNAL FQGGLQPHNY CLPVLKREIH REAIVKAVTS GSKKFFLGTD SAPHERSRKE SSCGCAGIYS 301: APIALSLYAK VFDEAGALDK LEAFTSFNGP DFYGLPRNSS KITLKKSPWK VPDVFNFPFG EIVPMFAGET LQWQPLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)