AT5G42740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sugar isomerase (SIS) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sugar isomerase (SIS) family protein; FUNCTIONS IN: glucose-6-phosphate isomerase activity; INVOLVED IN: defense response to fungus, incompatible interaction, response to cadmium ion, gluconeogenesis, glycolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglucose isomerase, conserved site (InterPro:IPR018189), Phosphoglucose isomerase (PGI) (InterPro:IPR001672); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphoglucose isomerase 1 (TAIR:AT4G24620.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17136080..17140622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61721.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 560 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSTALICD TEAWKDLKGH VEDIKKTHLR DLMSDANRCQ SMMMEFDGLL LDYSRQRATV ETMDKLLNLA KASQLTEKIS RMFNGEHINS TENRSVLHVA 101: LRAPKDAVIK ADGMNVVPEV WNVLDKIKEF SDKIRSGSWV GATGKPLKDV IAIGIGGSFL GPLFVHTALQ TDPEALESAK GRQLRFLANI DPVDVARNIS 201: GLNPETTLVV VVSKTFTTAE TMLNARTLRE WITAALGASA VAKHMVAVST NLALVEKFGI DPNNAFAFWD WVGGRYSVCS AVGVLPLSLQ YGFSMVEKFL 301: KGASSIDQHF QSTPFEKNIP VLLGLLSVWN VSFLGYPARA ILPYSQALEK FAPHIQQVSM ESNGKGVSID GLPLPFETGE IDFGEPGTNG QHSFYQLIHQ 401: GRVIPCDFIG IVKSQQPVYL KGEVVSNHDE LMSNFFAQPD ALAYGKTPEQ LQKENVSENL IPHKTFSGNR PSLSLLLPEL TAYNVGQLLA IYEHRVAVQG 501: FVWGINSFDQ WGVELGKVLA TQVRKQLHSS RTQGTAPEGF NYSTTTLLKR YLETSSEPQM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)