AT4G21380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : receptor kinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a putative receptor-like serine/threonine protein kinases that is similar to Brassica self-incompatibility (S) locus. Expressed in root. Shoot expression limited to limited to the root-hypocotyl transition zone and at the base of lateral roots as well as in axillary buds, and pedicels. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
receptor kinase 3 (RK3); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity, kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), S-locus receptor kinase, C-terminal (InterPro:IPR021820), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), S-locus, receptor kinase (InterPro:IPR022126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: receptor kinase 2 (TAIR:AT1G65800.1); Has 120297 Blast hits to 118488 proteins in 4631 species: Archae - 97; Bacteria - 13304; Metazoa - 44101; Fungi - 10092; Plants - 34714; Viruses - 410; Other Eukaryotes - 17579 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11389219..11393090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96471.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 850 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRGLPNFYHS YTFFFFFLLI LFPAYSISAN TLSASESLTI SSNNTIVSPG NVFELGFFKP GLDSRWYLGI WYKAISKRTY VWVANRDTPL SSSIGTLKIS 101: DSNLVVLDQS DTPVWSTNLT GGDVRSPLVA ELLDNGNFVL RDSKNSAPDG VLWQSFDFPT DTLLPEMKLG WDAKTGFNRF IRSWKSPDDP SSGDFSFKLE 201: TEGFPEIFLW NRESRMYRSG PWNGIRFSGV PEMQPFEYMV FNFTTSKEEV TYSFRITKSD VYSRLSISSS GLLQRFTWIE TAQNWNQFWY APKDQCDEYK 301: ECGVYGYCDS NTSPVCNCIK GFKPRNPQVW GLRDGSDGCV RKTLLSCGGG DGFVRLKKMK LPDTTTASVD RGIGVKECEQ KCLRDCNCTA FANTDIRGSG 401: SGCVTWTGEL FDIRNYAKGG QDLYVRLAAT DLEDKRNRSA KIIGSSIGVS VLLLLSFIIF FLWKRKQKRS ILIETPIVDH QLRSRDLLMN EVVISSRRHI 501: SRENNTDDLE LPLMEFEEVA MATNNFSNAN KLGQGGFGIV YKGKLLDGQE MAVKRLSKTS VQGTDEFKNE VKLIARLQHI NLVRLLACCV DAGEKMLIYE 601: YLENLSLDSH LFDKSRNSKL NWQMRFDIIN GIARGLLYLH QDSRFRIIHR DLKASNILLD KYMTPKISDF GMARIFGRDE TEANTRKVVG TYGYMSPEYA 701: MDGIFSMKSD VFSFGVLLLE IISSKRNKGF YNSDRDLNLL GCVWRNWKEG KGLEIIDPII TDSSSTFRQH EILRCIQIGL LCVQERAEDR PTMSLVILML 801: GSESTTIPQP KAPGYCLERS LLDTDSSSSK QRDDESWTVN QITVSVLDAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)