AT4G23130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a receptor-like protein kinase. Naming convention from Chen et al 2003 (PMID 14756307) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 5 (CRK5); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: defense response to bacterium, programmed cell death, response to salicylic acid stimulus; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 4 (TAIR:AT3G45860.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12117688..12120134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73406.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 659 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAYTSLNFL FLLTFFIGSL RVSAQLQDPT YVGHVCTNRI SRNSIYFSNL QTLLTSLSSN NAYFSLGSHS LTKGQNSDMV FGLYLCKGDL SPESCRECVI 101: FAAKDTRSRC PGGKEFLIQY DECMLGYSDR NIFMDTVTTT TIITWNTQKV TADQSDRFND AVLSLMKKSA EEAANSTSKK FAVKKSDFSS SQSLYASVQC 201: IPDLTSEDCV MCLQQSIKEL YFNKVGGRFL VPSCNSRYEV YPFYKETIEG TVLPPPVSAP PLPLVSTPSF PPGKGKNSTV IIIAIVVPVA ISVLICVAVF 301: SFHASKRAKK TYDTPEEDDI TTAGSLQFDF KVIEAATDKF SMCNKLGQGG FGQVYKGTLP NGVQVAVKRL SKTSGQGEKE FKNEVVVVAK LQHRNLVKLL 401: GFCLEREEKI LVYEFVSNKS LDYFLFDSRM QSQLDWTTRY KIIGGIARGI LYLHQDSRLT IIHRDLKAGN ILLDADMNPK VADFGMARIF EIDQTEAHTR 501: RVVGTYGYMS PEYAMYGQFS MKSDVYSFGV LVLEIISGRK NSSLYQMDAS FGNLVTYTWR LWSDGSPLDL VDSSFRDSYQ RNEIIRCIHI ALLCVQEDTE 601: NRPTMSAIVQ MLTTSSIALA VPQPPGFFFR SNHEQAGPSM DKSSLCSIDA ASITILAPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)