AT4G18930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase (InterPro:IPR009097), 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase (InterPro:IPR012386); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase family protein (TAIR:AT4G18940.1); Has 112 Blast hits to 112 proteins in 29 species: Archae - 3; Bacteria - 12; Metazoa - 0; Fungi - 8; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 31 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10370797..10371885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20515.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 181 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEVKKDVYS VWALPDEESE PRFKKLMEAL RSEFTGPRFV PHVTVAVSAY LTADEAKKMF ESACDGLKAY TATVDRVSTG TFFFQCVFLL LQTTPEVMEA 101: GEHCKNHFNC STTTPYMPHL SLLYAELTEE EKKNAQEKAY TLDSSLDGLS FRLNRLALCK TDTEDKTLET WETVAVCNLN P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)