AT4G11460.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cysteine-rich receptor-like protein kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 30 (CRK30); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 31 (TAIR:AT4G11470.1); Has 121801 Blast hits to 120416 proteins in 4734 species: Archae - 98; Bacteria - 13989; Metazoa - 44659; Fungi - 10692; Plants - 34186; Viruses - 446; Other Eukaryotes - 17731 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6964468..6967093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77804.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 700 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRQNNLFSLI FWLVPVSLII VVSAQLCSEK FGTFTPGGTF DKNRRIILSS LPSEVTAQDG FYNASIGTDP DQLYAMGMCI PGAKQKLCRD CIMDVTRQLI 101: QTCPNQTAAI HWSGGGKTVC MARYYNQPSS RPLDLESVSI GYNVGNLSTN LTDFDRLWER LIAHMVTKAS SASIKYLSFD NSRFYAADET NLTNSQMVYA 201: LMQCTPDVSP SNCNTCLKQS VDDYVGCCHG KQGGYVYRPS CIFRWDLYPF NGAFDLLTLA PPPSSQLQSP PPVTNKDEKT IHTGTIIGIV IVVAMVIIMA 301: LLALGVSVCR SRKKYQAFAS ETADDITTVG YLQFDIKDIE AATSNFLASN KIGQGGFGEV YKGTLSNGTE VAVKRLSRTS DQGELEFKNE VLLVAKLQHR 401: NLVRLLGFAL QGEEKILVFE FVPNKSLDYF LFGSTNPTKK GQLDWTRRYN IIGGITRGLL YLHQDSRLTI IHRDIKASNI LLDADMNPKI ADFGMARNFR 501: DHQTEDSTGR VVGTFGYMPP EYVAHGQFST KSDVYSFGVL ILEIVSGRKN SSFYQMDGSV CNLVTYVWRL WNTDSSLELV DPAISGSYEK DEVTRCIHIG 601: LLCVQENPVN RPALSTIFQM LTNSSITLNV PQPPGFFFRN RPESDTLRRG LEPDQYNNES VTCSIDNATI TTLLGKTLAS ALCCITSTLF SKSMYRNTED |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)