AT4G08590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ORTHRUS-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ORTHRUS-like (ORTHL); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G57820.2); Has 2775 Blast hits to 2701 proteins in 230 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 1738; Fungi - 176; Plants - 609; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 228 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:5464085..5466635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52310.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTRVNQLPCD CVSTAEESLT SGTCITPTHV TSLSSPLDRS GDVDPLPVSD ESGGSKADES MTDADETKKR KRILSGDCEA DENNKSDGEI ASLNDGVDAF 101: TAICEDLNCS LCNQLPDRPV TILCGHNFCL KCFDKWIDQG NQICATCRST IPDKMAANPR VNSSLVSVIR YVKVAKTAGV GTANFFPFTS NQDGPENAFR 201: TKRAKIGEEN AARIYVTVPF DHFGPIPAEH DPVRNQGVLV GESWENRVEC RQWGVHLPHV SCIAGQEDYG AQSVVISGGY KDDEDHGEWF LYTGRSRGRH 301: FANEDQEFED LNEALRVSCE MGYPVRVVRS YKDRYSAYAP KEGVRYDGVY RIEKCWRKAR FPDSFKVCRY LFVRCDNEPA PWNSDESGDR PRPLPNIPEL 401: ETASDLFERK ESPSWDFDEA EGRWRWMKPP PANHEQRERM KMAMTCLLLF VLIILVGSSS ILYQY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)