AT5G39550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the VIM3/ORTH1 protein that is similar to VIM1. This protein has an N-terminal PHD domain and two RING domains surrounding an SRA domain. The protein has been shown to bind to methylated cytosines of CG, CNG and CNN motifs via its SRA domain but has a preference for the former. This protein functions as an E3 ubiquitin ligase in vitro with members of the UBC8 family E2s. Either of the two RING domains present in the protein can promote ubiquitylation in vitro, but, not the PHD domain. Over-expression of ORTH1/VIM3 leads to decreased levels of FWA methylation, increased levels of FWA transcripts, and delayed flowering. Cen180 repeats are also hypomethylated in plants overexpressing this protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VARIANT IN METHYLATION 3 (VIM3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G66040.1); Has 6556 Blast hits to 5308 proteins in 497 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 4783; Fungi - 431; Plants - 899; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 410 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15837408..15840503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68302.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 617 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIETQLPCD GDGVCMRCQV NPPSEETLTC GTCVTPWHVP CLLPESLASS TGEWECPDCS GVVVPSAAPG TGNARPESSG SVLVAAIRAI QADETLTEAE 101: KAKKRQKLMS GGGDDGVDEE EKKKLEIFCS ICIQLPERPI TTPCGHNFCL KCFEKWAVGQ GKLTCMICRS KIPRHVAKNP RINLALVSAI RLANVTKCSV 201: EATAAKVHHI IRNQDRPEKA FTTERAVKTG KANAASGKFF VTIPRDHFGP IPAENDVTRK QGVLVGESWE DRQECRQWGA HFPHIAGIAG QSAVGAQSVA 301: LSGGYDDDED HGEWFLYTGS GGRDLSGNKR INKKQSSDQA FKNMNESLRL SCKMGYPVRV VRSWKEKRSA YAPAEGVRYD GVYRIEKCWS NVGVQGSFKV 401: CRYLFVRCDN EPAPWTSDEH GDRPRPLPNV PELETAADLF VRKESPSWDF DEAEGRWKWM KSPPVSRMAL DPEERKKNKR AKNTMKARLL KEFSCQICRE 501: VLSLPVTTPC AHNFCKACLE AKFAGITQLR ERSNGGRKLR AKKNIMTCPC CTTDLSEFLQ NPQVNREMME IIENFKKSEE EADASISEEE EEESEPPTKK 601: IKMDNNSVGG SGTSLSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)