AT3G56170.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ca-2+ dependent nuclease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a calcium-dependent nuclease with similarity to staphylococcal nuclease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ca-2+ dependent nuclease (CAN); FUNCTIONS IN: nuclease activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Staphylococcal nuclease (SNase-like) (InterPro:IPR006021), Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold (InterPro:IPR016071), Thermonuclease active site (InterPro:IPR002071); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Staphylococcal nuclease homologue (TAIR:AT2G40410.2); Has 3061 Blast hits to 3061 proteins in 776 species: Archae - 16; Bacteria - 1825; Metazoa - 0; Fungi - 167; Plants - 86; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 965 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20842614..20844319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36136.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNAIRLLRK CLNSHGVSAS SGGVSALSRD LLNFETTSQV PEKLGSYVVS SQKAQANWYR KILEAWKQAK PRPKTPEEAS RLVIAALKNH QKADVEGLLS 101: FYGLPSPHNL VEVPTEAPVS LPKGVRFELN TLPVDTKSVA DGDTVTVYVS SKDPLVSSSL PKDVSLAAVK RAKAREKKNY TEADALHKTI IASGYRMISF 201: QNEEVLAKKF RIRLSGIDSP ESKMPYGKEA HDELLKMVEG KCLKVLVYTE DRYGRCVGDI YCNGKFVQEV MLKKGLAWHY VAYDKRAELA KWENEARQKR 301: VGLWASSNPE KPWEWRKNKR GGN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)