AT3G04110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.985 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamate receptor 1.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative glutamate receptor (GLR1.1). Contains a functional cation - permeable pore domain. Involved in cellular cation homeostasis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glutamate receptor 1.1 (GLR1.1); FUNCTIONS IN: intracellular ligand-gated ion channel activity, cation channel activity; INVOLVED IN: cellular calcium ion homeostasis, response to light stimulus, cellular cation homeostasis; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Extracellular solute-binding protein, family 3 (InterPro:IPR001638), Ionotropic glutamate receptor (InterPro:IPR001320), Extracellular ligand-binding receptor (InterPro:IPR001828), Glutamate receptor-related (InterPro:IPR015683), Ionotropic glutamate-like receptor, plant (InterPro:IPR017103); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate receptor 1.3 (TAIR:AT5G48410.1); Has 3355 Blast hits to 3282 proteins in 359 species: Archae - 20; Bacteria - 507; Metazoa - 2116; Fungi - 0; Plants - 613; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 99 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1077361..1080236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90514.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 808 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEILFSISIL ALLFSGVVAA PSDDDVFEEV RVGLVVDLSS IQGKILETSF NLALSDFYGI NNGYRTRVSV LVRDSQGDPI IALAAATDLL KNAKAEAIVG 101: AQSLQEAKLL ATISEKAKVP VISTFLPNTL SLKKYDNFIQ WTHDTTSEAK GITSLIQDFS CKSVVVIYED ADDWSESLQI LVENFQDKGI YIARSASFAV 201: SSSGENHMMN QLRKLKVSRA SVFVVHMSEI LVSRLFQCVE KLGLMEEAFA WILTARTMNY LEHFAITRSM QGVIGFKSYI PVSEEVKNFT SRLRKRMGDD 301: TETEHSSVII GLRAHDIACI LANAVEKFSV SGKVEASSNV SADLLDTIRH SRFKGLSGDI QISDNKFISE TFEIVNIGRE KQRRIGLWSG GSFSQRRQIV 401: WPGRSRKIPR HRVLAEKGEK KVLRVLVTAG NKVPHLVSVR PDPETGVNTV SGFCVEVFKT CIAPFNYELE FIPYRGNNDN LAYLLSTQRD KYDAAVGDIT 501: ITSNRSLYVD FTLPYTDIGI GILTVKKKSQ GMWTFFDPFE KSLWLASGAF FVLTGIVVWL VERSVNPEFQ GSWGQQLSMM LWFGFSTIVF AHREKLQKMS 601: SRFLVIVWVF VVLILTSSYS ANLTSTKTIS RMQLNHQMVF GGSTTSMTAK LGSINAVEAY AQLLRDGTLN HVINEIPYLS ILIGNYPNDF VMTDRVTNTN 701: GFGFMFQKGS DLVPKVSREI AKLRSLGMLK DMEKKWFQKL DSLNVHSNTE EVASTNDDDE ASKRFTFREL RGLFIIAGAA HVLVLALHLF HTRQEVSRLC 801: TKLQSFYK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)