AT3G01330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DP-E2F-like protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of the E2F transcription factors, (cell cycle genes), key components of the cyclin D/retinoblastoma/E2F pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DP-E2F-like protein 3 (DEL3); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Transcription factor E2F/dimerisation partner (TDP) (InterPro:IPR003316), E2F Family (InterPro:IPR015633); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DP-E2F-like 2 (TAIR:AT5G14960.1); Has 1046 Blast hits to 870 proteins in 117 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 638; Fungi - 7; Plants - 262; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 135 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:124596..126805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40001.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSAIVVSQD AESLGLQIYS RKEKSLGVLV SNFLRLYNRD DVDLIGLDDA AGQLGVERRR IYDVVNILES IGIVARRGKN QYSWKGFGEI PRSLDELKEE 101: GMRERLGYSS SNNSDKVSNG CEREEPLTLT PDDQENSSSS KMDQKKEKSL WLLAQNFVKM FLCSDDDLIT LDSAAKALLS DSPDSVHMRT KVRRLYDIAN 201: VFASMNLIEK THIPVTRKPA YRWLGSKSIA ERGLSLFNSG EPKRVFGTEI TNLRAKRNKT YCSSIRKQIG YKKHDEENTE QESKPAASKY VFGPFSPIGA 301: SKTNNDKVGK GRLLEIEALA STYQPQYCNQ EITGLLGHFT EAWKKWYAEV DRNK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)