AT2G47550.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT4G02330.1); Has 2676 Blast hits to 2617 proteins in 319 species: Archae - 6; Bacteria - 600; Metazoa - 1; Fungi - 202; Plants - 1841; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19509024..19511604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61500.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 560 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQKLMFLFT LACLSSLPSP FISAQIPAIG NATSPSNICR FAPDPSYCRS VLPNQPGDIY SYGRLSLRRS LSRARRFISM IDAELDRKGK VAAKSTVGAL 101: EDCKFLASLT MDYLLSSSQT ADSTKTLSLS RAEDVHTFLS AAITNEQTCL EGLKSTASEN GLSGDLFNDT KLYGVSLALF SKGWVPRRQR SRPIWQPQAR 201: FKKFFGFRNG KLPLKMTERA RAVYNTVTRR KLLQSDADAV QVSDIVTVIQ NGTGNFTTIN AAIAAAPNKT DGSNGYFLIY VTAGLYEEYV EVPKNKRYVM 301: MIGDGINQTV ITGNRSVVDG WTTFNSATFI LSGPNFIGVN ITIRNTAGPT KGQAVALRSG GDLSVFYSCS FEAYQDTLYT HSLRQFYREC DVYGTVDFIF 401: GNAAVVLQNC NLYPRQPRKG QSNEVTAQGR TDPNQNTGTA IHGCTIRPAD DLATSNYTVK TYLGRPWKEY SRTVVMQTYI DGFLEPSGWN AWSGDFALST 501: LYYAEYNNTG PGSDTTNRVT WPGYHVINAT DASNFTVTNF LVGEGWIGQT GVPFVGGLIA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)