AT2G40010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L10 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L10 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translational elongation, translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813), Ribosomal protein L10 (InterPro:IPR001790); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L10 family protein (TAIR:AT3G09200.1); Has 1619 Blast hits to 1617 proteins in 478 species: Archae - 322; Bacteria - 4; Metazoa - 504; Fungi - 295; Plants - 181; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 313 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16708578..16710448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33668.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVKATKAEK KIVYDSKLCQ LLNEYSQILV VAADNVGSTQ LQNIRKGLRG DSVVLMGKNT MMKRSVRIHA DKTGNQAFLS LLPLLQGNVG LIFTKGDLKE 101: VSEEVAKYKV GAPARVGLVA PIDVVVQPGN TGLDPSQTSF FQVLNIPTKI NKGTVEIITP VELIKKGDKV GSSEAALLAK LGIRPFSYGL VVESVYDNGS 201: VFNPEVLNLT EDDLVEKFAA GVSMITALSL AISYPTVAAA PHMFLNAYKN VLAVALATEY SFPQAENVKE FLKDPTKFAV AVAAPVSGES GGAVVAVAVE 301: EEAAEESDGD MGFDLFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)