AT2G05170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar protein sorting 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Homologous to yeast VPS11. Forms a complex with VCL1 and AtVPS33. Involved in vacuolar biogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar protein sorting 11 (VPS11); FUNCTIONS IN: transporter activity, binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: vacuole organization; LOCATED IN: plant-type vacuole membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar protein sorting-associated protein 11 (InterPro:IPR016528), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); Has 716 Blast hits to 615 proteins in 203 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 251; Fungi - 269; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 152 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1870020..1873278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105719.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 932 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYQLRKFDFF EEKYGGKIPE DVTGDIQCCS SGRGKVVIGS NDGSVSFLDR GVKFDSGFQA HSSSVLFLQH LKQRNFLVTV GEDEQISPQQ SGMCLKVFDL 101: DKVQEEGTSS SAPECIGILR IFTNQFPEAK ITSFLVLEEV PPILLIAIGL DNGCIYCVKG DIARERITRF KLQVDGRSAI TGLGFRMDGQ ALLLFAVTPE 201: SVNLFSMQAQ PPKLQTLDHI GGSVNTVTMS DRSELIVGRP EAVYFYEVDG RGPCWAFEGE KKFMGWFRGY LLCVIDDSKT GNTVFNVYDL RNRLIAYSIV 301: VDKVSNMLCE WGNIILIKAD KSLLCITEKD MESKLDMLFK KNLYTVAINL VQSQHADAAA TANVMRKYGD HLYGKQDFDE AMLQYINTIG YLEPSFVIQK 401: FLDAQRIYNL TNYLEKLHEK GLASKDHTTL LLNCYTKLKD VEKLNTFIRK EDGIGELKFD VETAIRVCRA ANYHEHAMYV AKKAGKHEWY LKILLEDLGN 501: YDEALQYVSS LEPSQAGVTI EQYGKILIEH KPKETIDILM RLCTEQGIPN GVFLSMLPSP VDFITVFVQH PHSLMHFLER YAEIVQDSPA QAEINNTLLE 601: LYLSRDLNFP SISLSENGLD KDLIDHSVAA AVSKADPEKK TNADSKDAME KDCTERQQKG LELLKMAWPS DLEQPLYDVD LAVILCEMNS FKDGLLYLYE 701: KMKFYKEVIA CYMQNHDHEG LIACCKRLGD SSKGGDPSLW ADLLKYFGEI GEDCTKEVKE VLTYIERDDI LPPIIVLQTL AKNPCLTLSV IKDYIARKLE 801: QESKIIEEDR RAVEKYQETT KNMRKEIEDL RTNARIFQLS KCTACTFTLD IPAVHFMCMH SFHQRCLGDN EKECPECAPE YRSVMEMKRS LEQNSKDQDL 901: FFQQVKGSKD GFSVIAEYFG KGIISKTRDA TS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)