AT2G02960.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.874 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3675 (InterPro:IPR022143), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, RING-CH-type (InterPro:IPR011016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein (TAIR:AT1G14260.2); Has 1768 Blast hits to 1768 proteins in 205 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 759; Fungi - 135; Plants - 605; Viruses - 31; Other Eukaryotes - 238 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:-:862346..863980 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 29592.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 271 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSPVNAEVEE MRSESPVVND KALDISDDDH DDENEPLIVS GECRICSDES PVENLESPCA CSGSLKYAHR KCVQRWCNEK GNIICEICHQ PYQPGYTAPP 101: PPLQPEETTI DIGGGWTISG LDVHDPRLLA IAEAERRYLE SEYVEYTASS ASGAAFCRSA ALILMALLLL RHALTITDDT DGEEDDPSSI LSLVLLRAAG 201: FLLPCYIMAW AISILQRRRQ RQEAAALATQ FALVLQSGQP RTVHFTVSPG ISSSAVAHAT TSTQQQHDDP V |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)