AT1G71990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fucosyltransferase 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene encodes a Lewis-type alpha 1,4-fucosyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fucosyltransferase 13 (FUT13); FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring glycosyl groups, fucosyltransferase activity; INVOLVED IN: Lewis a epitope biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 10 (InterPro:IPR001503), Alpha-(1, 3)-fucosyltransferase/alpha-(1, 4)-fucosyltransferase, plant (InterPro:IPR017177); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fucosyltransferase 11 (TAIR:AT3G19280.1); Has 1516 Blast hits to 1512 proteins in 188 species: Archae - 4; Bacteria - 145; Metazoa - 1010; Fungi - 0; Plants - 129; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 225 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27100345..27102097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45100.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 401 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPMRYLNAMA ALLMMFFTLL ILSFTGILEF PSASTSMEHS IDPEPKLSDS TSDPFSDVLV AYKKWDFEVG CARFRENHKD AILGNVSSGS LQEFGCGKLK 101: MKHVKVLVKG WTWIPDNLEN LYSCRCGMTC LWTKSSVLAD SPDALLFETT TPPLQRRVGD PLRVYMELEA GRKRSGREDI FISYHAKDDV QTTYAGSLFH 201: NNRNYHISPH KNNDVLVYWS SSRCLPHRDR LAKSLLDLIP HHSFGKCLNN VGGLDSALSM YPECVAEHNA EAKWYDHLHC AMSHYKFVLA IENTAVESYV 301: TEKLFYALDS GSVPIYFGAS NVQDFVPPHS VIDGSKFGSM QELAAYVKRL GDDPVAYSEY HAWRRCGLMG NYGKTRAVSL DTLPCRLCEE ISRRGGKNAG 401: V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)