AT1G70690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Receptor-like protein kinase-related family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasmodesmal protein that may be involved in the intercellular movement of molecules through the plasmodesmata. The protein has two DUF26 domains and a single transmembrane domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HOPW1-1-INDUCED GENE1 (HWI1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata-located protein 6 (TAIR:AT2G01660.1); Has 1576 Blast hits to 1438 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1576; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26652099..26653381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31805.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIKTKTTSLL CFLLTAVILM NPSSSSPTDN YIYAVCSPAK FSPSSGYETN LNSLLSSFVT STAQTRYANF TVPTGKPEPT VTVYGIYQCR GDLDPTACST 101: CVSSAVAQVG ALCSNSYSGF LQMENCLIRY DNKSFLGVQD KTLILNKCGQ PMEFNDQDAL TKASDVIGSL GTGDGSYRTG GNGNVQGVAQ CSGDLSTSQC 201: QDCLSDAIGR LKSDCGMAQG GYVYLSKCYA RFSVGGSHAR QTPGPNFGHE GEKGNKDDNG VGKTLAIIIG IVTLIILLVV FLAFVGKCCR KLQDEKWCK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)