AT1G03190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAD3-like DNA-binding helicase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
UV damage and heat induce a common stress response in plants that leads to tissue death and reduced chloroplast function. The UVH6 product is suggested to be a negative regulator of this response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ULTRAVIOLET HYPERSENSITIVE 6 (UVH6); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: DNA repair, response to UV, response to heat; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type (InterPro:IPR014013), Xeroderma pigmentosum group D protein (InterPro:IPR001945), Helicase-like, DEXD box c2 type (InterPro:IPR006554), Helicase, ATP-dependent, c2 type (InterPro:IPR006555), DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site (InterPro:IPR002464), DEAD2 (InterPro:IPR010614), DNA helicase (DNA repair), Rad3 type (InterPro:IPR013020), Protein of unknown function DUF1227 (InterPro:IPR010643); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAD3-like DNA-binding helicase protein (TAIR:AT1G20720.1); Has 3290 Blast hits to 2576 proteins in 779 species: Archae - 308; Bacteria - 1186; Metazoa - 653; Fungi - 359; Plants - 198; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 584 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:775822..779863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86240.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 758 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIFKIEDVTV YFPYDNIYPE QYEYMVELKR ALDAKGHCLL EMPTGTGKTI ALLSLITSYR LSRPDSPIKL VYCTRTVHEM EKTLGELKLL HDYQVRHLGT 101: QAKILALGLS SRKNLCVNTK VLAAENRDSV DAACRKRTAS WVRALSTENP NVELCDFFEN YEKAAENALL PPGVYTLEDL RAFGKNRGWC PYFLARHMIQ 201: FANVIVYSYQ YLLDPKVAGF ISKELQKESV VVFDEAHNID NVCIEALSVS VRRVTLEGAN RNLNKIRQEI DRFKATDAGR LRAEYNRLVE GLALRGDLSG 301: GDQWLANPAL PHDILKEAVP GNIRRAEHFV HVLRRLLQYL GVRLDTENVE KESPVSFVSS LNSQAGIEQK TLKFCYDRLQ SLMLTLEITD TDEFLPIQTV 401: CDFATLVGTY ARGFSIIIEP YDERMPHIPD PILQLSCHDA SLAIKPVFDR FQSVVITSGT LSPIDLYPRL LNFTPVVSRS FKMSMTRDCI CPMVLTRGSD 501: QLPVSTKFDM RSDPGVVRNY GKLLVEMVSI VPDGVVCFFV SYSYMDGIIA TWNETGILKE IMQQKLVFIE TQDVVETTLA LDNYRRACDC GRGAVFFSVA 601: RGKVAEGIDF DRHYGRLVVM YGVPFQYTLS KILRARLEYL HDTFQIKEGD FLTFDALRQA AQCVGRVIRS KADYGMMIFA DKRYSRHDKR SKLPGWILSH 701: LRDAHLNLST DMAIHIAREF LRKMAQPYDK AGTMGRKTLL TQEDLEKMAE TGVQDMAY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)