AT5G55700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.752 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-amylase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
In vitro assay indicates no beta-amylase activity of BAM4. However mutation in BAM4 impairs starch breakdown. BAM4 may play a regulatory role. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-amylase 4 (BAM4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast beta-amylase (TAIR:AT4G17090.1); Has 805 Blast hits to 802 proteins in 156 species: Archae - 0; Bacteria - 86; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 654; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22551873..22554702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60120.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTETGVIGCG CRGVTGGNFF HPGGFSLKSC FLEQSTKRNR NFFRSVSMIP PFKRGRFITK LRSVAGNSRI FSMDAREKSR SFVLVSSRHK RVPVFVMMPI 101: DTFGIDASGC PKIKRLKALT VSLKALKLAG VHGIAVEVWW GIVERFSPLE FKWSLYEELF RLISEAGLKL HVALCFHSNM HLFGGKGGIS LPLWIREIGD 201: VNKDIYYRDK SGFSNNDYLT LGVDQLPLFG GRTAVQCYED FMLSFSTKFE PYLGNVIEEI SIGLGPSGEL RYPAHPSGDG RWKFPGIGEF QCHDKYMMED 301: LMAVASQEGK PQWGSRDPPN TGCYNSFPSG VPFFEEGNDS FLSDYGRFFL EWYSGKLICH ADAILAKAAD VLRRRQEEEK SSVMLVAKIG GIYWWYKTSS 401: HPAELTAGYY NTSLRDGYDP VASVLSRHGA ALNIPCLDMA DSEIPEKYLC SPEGLRRQIH DVSKKWTIHV TGRNTSERFD EMGLRQIREN CVQPNGDTLR 501: SFTFCRMNEK IFRVENWNNF VPFIRQMSAD M |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)