AT4G32890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA transcription factor 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the GATA factor family of zinc finger transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GATA transcription factor 9 (GATA9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Transcription factor, GATA, plant (InterPro:IPR016679), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 12 (TAIR:AT5G25830.1); Has 1477 Blast hits to 1442 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 34; Fungi - 587; Plants - 795; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 61 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15875598..15876615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34348.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKIAPELFL VAGNPDSFVV DDLLDFSNDD GEVDDGLNTL PDSSTLSTGT LTDSSNSSSL FTDGTGFSDL YIPNDDIAEL EWLSNFVEES FAGEDQDKLH 101: LFSGLKNPQT TGSTLTHLIK PEPELDHQFI DIDESNVAVP AKARSKRSRS AASTWASRLL SLADSDETNP KKKQRRVKEQ DFAGDMDVDC GESGGGRRCL 201: HCATEKTPQW RTGPMGPKTL CNACGVRYKS GRLVPEYRPA SSPTFVMARH SNSHRKVMEL RRQKEMRDEH LLSQLRCENL LMDIRSNGED FLMHNNTNHV 301: APDFRHLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)