AT4G16150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calmodulin binding;transcription regulators | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
calmodulin binding;transcription regulators; FUNCTIONS IN: calmodulin binding, transcription regulator activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), CG-1 (InterPro:IPR005559), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calmodulin binding;transcription regulators (TAIR:AT3G16940.1); Has 3526 Blast hits to 2387 proteins in 249 species: Archae - 2; Bacteria - 65; Metazoa - 2447; Fungi - 177; Plants - 543; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 284 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9148225..9153048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104853.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 923 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGVDSGKLI GSEIHGFHTL QDLDIQTMLD EAYSRWLRPN EIHALLCNHK FFTINVKPVN LPKSGTIVLF DRKMLRNFRK DGHNWKKKKD GKTIKEAHEH 101: LKVGNEERIH VYYAHGEDTP TFVRRCYWLL DKSQEHIVLV HYRETHEVHA APATPGNSYS SSITDHLSPK IVAEDTSSGV HNTCNTGFEV RSNSLGSRNH 201: EIRLHEINTL DWDELLVPAD ISNQSHPTEE DMLYFTEQLQ TAPRGSVKQG NHLAGYNGSV DIPSFPGLED PVYQNNNSCG AGEFSSQHSH CGVDPNLQRR 301: DFSATVTDQP GDALLNNGYG SQDSFGRWVN NFISDSPGSV DDPSLEAVYT PGQDSSTPPT VFHSHSDIPE QVFNITDVSP AWAYSTEKTK ILVTGFFHDS 401: FQHLGRSNLI CICGELRVPA EFLQMGVYRC FLPPQSPGVV NLYLSVDGNK PISQLFSFEH RSVQFIEKAI PQDDQLYKWE EFEFQVRLAH LLFTSSNKIS 501: VLTSKISPEN LLEAKKLASR TSHLLNSWAY LMKSIQANEV PFDQARDHLF ELTLKNRLKE WLLEKVIENR NTKEYDSKGL GVIHLCAVLG YTWSILLFSW 601: ANISLDFRDK QGWTALHWAA YYGREKMVAA LLSAGARPNL VTDPTKEFLG GCTAADLAQQ KGYDGLAAFL AEKCLVAQFK DMQTAGNISG NLETIKAEKS 701: SNPGNANEEE QSLKDTLAAY RTAAEAAARI QGAFREHELK VRSSAVRFAS KEEEAKNIIA AMKIQHAFRN FEVRRKIAAA ARIQYRFQTW KMRREFLNMR 801: KKAIRIQAAF RGFQVRRQYQ KITWSVGVLE KAILRWRLKR KGFRGLQVSQ PDEKEGSEAV EDFYKTSQKQ AEERLERSVV KVQAMFRSKK AQQDYRRMKL 901: AHEEAQLEYD GMQELDQMAT EES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)