AT4G16144.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : associated molecule with the SH3 domain of STAM 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AMSH3, a deubiquitinating enzyme that hydrolyzes K48- and K63-linked ubiquitin chains in vitro. Required for intracellular trafficking and vacuole biogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
associated molecule with the SH3 domain of STAM 3 (AMSH3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mov34/MPN/PAD-1 (InterPro:IPR000555); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: associated molecule with the SH3 domain of STAM 1 (TAIR:AT1G48790.1); Has 901 Blast hits to 707 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 373; Fungi - 228; Plants - 224; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9138053..9141422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57271.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 507 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIDLNKVAR EIEVDNRIPL RNYYRIADNL LRQASIYREE KNVVDLYIML LRYSSLISET IPFHRDYQAS LPQERLGSRK RLRAVINELE SLKPEFNQLV 101: DKLNRVEDES RQDGSDLPVV SYSSDAVEWP PAHKASYSRP DINKPLPTSQ PSWTYNNNLT SSSNRTQIDQ QFQKLSFDFL PPNQATLSRH SFLGPNGLKR 201: QMVAPKSEIK VQYPSNTDWG SADNSGLIEA GPSSSSASLN GDSQEVSTLN SVLSLDDGRW QRHSEAVNSQ FISDATEDPF QFVGMKQPSP PPVLAQVHQE 301: LAQICPSKVA DPRPGPAIPS LEGKEGSNSY QHLHVPVRIM DDFLRLARSN TERNLETCGV LAGSLKNRVF HITTLIIPKQ ESTSDSCQTL NEEEIFEVQD 401: RLSLFPLGWI HTHPTQTCFM SSVDLHTHYS YQIMLPEAVA IVMAPTDEST PHGIFHLSDP SGVSVIRNCQ QRGFHPHEES EDGNPIYEHC SHVFLNAKLK 501: YEVLDLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)