AT3G56740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.638 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-associated (UBA) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ubiquitin-associated (UBA) protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-associated (UBA) protein (TAIR:AT2G41160.1); Has 305 Blast hits to 304 proteins in 119 species: Archae - 6; Bacteria - 5; Metazoa - 77; Fungi - 99; Plants - 90; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 28 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21015631..21017883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32379.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 293 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGGPSGFHN APVTKAFVIT SALFTVFFGI QGRSSKLGLS YQDIFEKFRI WKLIMSTFAF SSTPELMFGL YLLYYFRVFE RQIGSNKYSV FILFSGTVSL 101: LLEVILLSLL KDTTANLLTS GPYGLIFASF IPFYLDIPVS TRFRVFGVNF SDKSFIYLAG VQLLLSSWKR SIFPGICGII AGSLYRLNIL GIRKAKFPEF 201: VASFFSRLSF PSFGNSPPPA PSRNIVGTIS PNTGRRAERS QPAPLPSSVE PSEEAITTLV SMGFDRNAAR QALVHARNDV NAATNILLEA QSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)