AT2G41160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.949 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-associated (UBA) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ubiquitin-associated (UBA) protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-associated (UBA) protein (TAIR:AT3G56740.1); Has 271 Blast hits to 270 proteins in 111 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 75; Fungi - 97; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17156314..17158687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31691.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGGPSGFNN APVTKAFVIA TALFTVFFGI RGGSSKLGLS YQDIFEKFRI WKLIISAFAF SSTTQLLSGL YLLYFFRVFE RQIGSNKYSV FIFFSGFVSL 101: ILETILLSLT KDPTANLLTS GPYALVFASF VPFFLDIPVT KRFGVLGVHF SDKSFIYLAG VQLLLSSWKR SIFTGICGII AGSLYRLNIF GIRKAKFPEF 201: MASLFSRFSL PSLSSHSQPP RRTSPNLGRQ AVRAYRAPMP STTEPSEEAI ATLVSMGFDQ NAARQALVHA RNDVNAATNI LLEAHSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)