AT3G33520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.854 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ACTIN-RELATED PROTEIN6 (ARP6), a putative component of a chromatin-remodeling complex. Required for both histone acetylation and methylation of the FLC chromatin in Arabidopsis. Along with PIE1 forms a complex to deposit modified histone H2A.Z at several loci within the genome. This modification alters the expression of the target genes (i.e. FLC, MAF4, MAF6). Incorporation of this variant histone into chromatin mediates the ambient temperature response. Located at specific regions of the nuclear periphery. Expression throughout plants shown by in-situ and immunolocalization methods. Mutants show defects in fertility, leaf, flower and inflorescence development and shorter flowering times. ARP6 also is involved in globally controlling developmental responses to ambient temperature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein 6 (ARP6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin/actin-like (InterPro:IPR004000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin 3 (TAIR:AT3G53750.1); Has 12358 Blast hits to 12072 proteins in 2463 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 5326; Fungi - 3155; Plants - 1501; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2370 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:14093791..14095476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46946.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNIVVLDNG GGLIKAGQGG ERDPTTVIPN CLYKPLSSKK FIHPSPLTTL SDEIDLTSAA VRRPIDRGYL INSDLQREIW SHLFTSLLHI APSSSSLLLT 101: EAPLSIPSVQ RTTDELVFED FGFSSLYIAH PQSLVHLYEA SRQPDSILSK TQCSLVVDCG FSFTHAVPVL HNFTLNHAIK RIDLGGKAFT NYLKELVSYR 201: SINVMDETFL VDDAKEKLCF VSLDLLRDLR LARNGNTLIK STYVLPDGVT HTKGYVKDPQ AAKRFLSLSE KESVVVMDKV GERKKADMNK NEIDLTNERF 301: LVPETLFQPA DLGMNQAGLA ECIVRAINSC HSYLQPVLYQ SIILTGGSTL FPQLKERLEG ELRPLVPDHF DVKITTQEDP ILGVWRGGSL LASSPDFESM 401: CVTKAEYEEL GSARCRRRFF H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)