AT3G29290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 2076 (emb2076); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT5G02860.1); Has 34767 Blast hits to 12132 proteins in 265 species: Archae - 2; Bacteria - 30; Metazoa - 249; Fungi - 365; Plants - 32849; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1272 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:11238421..11240125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62063.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAVWLSHVS QLVCGCYLIE QSSCVLRTFH WSLSHSLNFT LTMKPKRRRL GVKMESFSLA TPNMCFRKVS SELDSSFNGE NVVCGLELEE KTAGDRNRIH 101: FLEERNEETL SKRLRKLSRL DKVRSALELF DSMRFLGLQP NAHACNSFLS CLLRNGDIQK AFTVFEFMRK KENVTGHTYS LMLKAVAEVK GCESALRMFR 201: ELEREPKRRS CFDVVLYNTA ISLCGRINNV YETERIWRVM KGDGHIGTEI TYSLLVSIFV RCGRSELALD VYDEMVNNKI SLREDAMYAM ISACTKEEKW 301: DLALKIFQSM LKKGMKPNLV ACNTLINSLG KAGKVGLVFK VYSVLKSLGH KPDEYTWNAL LTALYKANRY EDVLQLFDMI RSENLCCLNE YLYNTAMVSC 401: QKLGYWEKAV KLLYEMEGSG LTVSTSSYNL VISACEKSRK SKVALLVYEH MAQRDCKPNT FTYLSLVRSC IWGSLWDEVE DILKKVEPDV SLYNAAIHGM 501: CLRREFKFAK ELYVKMREMG LEPDGKTRAM MLQNLKKHQK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)