AT3G15850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Chloroplastic enzyme responsible for the synthesis of 16:1 fatty acids from galactolipids and sulpholipids. Uses ferredoxin as electron donor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase 5 (FAD5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1, core (InterPro:IPR015876), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fatty acid desaturase family protein (TAIR:AT3G15870.1); Has 3424 Blast hits to 3424 proteins in 822 species: Archae - 0; Bacteria - 1534; Metazoa - 801; Fungi - 236; Plants - 106; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 743 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5359087..5360998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42582.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 371 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLLTKPKP VFLCSPSLSP RTLNTATPSL NFTRISFTHH QKLAPFKPPS LVVAFSEKGL KRDVTTAAAA TEGDYRRIML SDVLVKKKEK VVWWEREWKA 101: MDFGAVAVVL SMHLLSLLAP FQFNWRAVSV AFGLYIVTGL LGITLSFHRN LSHKAFKLPK WLEYLFAYCG AQALQGNPID WVSTHRYHHQ FCDSDRDPHS 201: PLDGFWFSHM NWMFDTNTIT QRCGEPNNVG DLEKQPFYRF LRTTYILHPL ALAVALYAMG GFPFIVWGMG VRIVWVYHIT WLVNSACHVW GKQAWNTGDL 301: SKNNWWVAAL AFGEGWHNNH HAFEFSARHG LEWWQLDMTW YVVKFLQAIG LATDVKLPSE AQKQRMAFTS D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)