AT4G30950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Chloroplastic enzyme responsible for the synthesis of 16:2 and 18:2 fatty acids from galactolipids, sulpholipids and phosphatidylglycerol. Uses ferredoxin as electron donor. Gene mutation resulted in reduced level of unsaturated fatty acids leading to susceptibility to photoinhibition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase 6 (FAD6); FUNCTIONS IN: omega-6 fatty acid desaturase activity; INVOLVED IN: photoinhibition, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid desaturase 8 (TAIR:AT5G05580.1); Has 3227 Blast hits to 3218 proteins in 733 species: Archae - 0; Bacteria - 1371; Metazoa - 67; Fungi - 380; Plants - 896; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 513 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15057278..15059673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51228.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 448 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASRIADSLF AFTGPQQCLP RVPKLAASSA RVSPGVYAVK PIDLLLKGRT HRSRRCVAPV KRRIGCIKAV AAPVAPPSAD SAEDREQLAE SYGFRQIGED 101: LPENVTLKDI MDTLPKEVFE IDDLKALKSV LISVTSYTLG LFMIAKSPWY LLPLAWAWTG TAITGFFVIG HDCAHKSFSK NKLVEDIVGT LAFLPLVYPY 201: EPWRFKHDRH HAKTNMLVHD TAWQPVPPEE FESSPVMRKA IIFGYGPIRP WLSIAHWVNW HFNLKKFRAS EVNRVKISLA CVFAFMAVGW PLIVYKVGIL 301: GWVKFWLMPW LGYHFWMSTF TMVHHTAPHI PFKPADEWNA AQAQLNGTVH CDYPSWIEIL CHDINVHIPH HISPRIPSYN LRAAHESIQE NWGKYTNLAT 401: WNWRLMKTIM TVCHVYDKEE NYIPFDRLAP EESQPITFLK KAMPNYTA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)