AT3G12380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gene similar to actin-related proteins in other organisms. Member of nuclear ARP gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein 5 (ARP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin/actin-like (InterPro:IPR004000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Actin-like ATPase superfamily protein (TAIR:AT2G42100.1); Has 21592 Blast hits to 13553 proteins in 2425 species: Archae - 18; Bacteria - 280; Metazoa - 9176; Fungi - 4874; Plants - 2192; Viruses - 30; Other Eukaryotes - 5022 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3938309..3941785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83057.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 724 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFVSRIRRQ SDYNTYPSSI PIVIDNGASY FRIGWAGETE PRVVFRNIVQ RPRHKATGET VTIVGDLDPS MMKYFDCTRS GPRSPFDSNV VYQFEIMEYI 101: LDYAFDRLGA NGSGIDHPIL ITECACNPVQ SRSKMAELLF ETYGVPAVAF GVDAAFSYKY NQLHGICKKD GIVLCPGFTT THSIPFVDGE PIYKGSSRTN 201: IGGYHVTDYL KQLLSLKYPF HSSRFTWEKA EDLKLEHCYI APDYASEIRL FQEGRKEAEE KTSYWQLPWI PPPTEVPPSE EEIARKAAIR EKQGQRLREM 301: AEAKRVSKIN DMENQLISLR FLLKQVDQVE EDDIPTFLSD TGYASRQELE STITKVTQSL RKARGEPKNE PAEYEENPDS LNNEKYPLMN VPDDILTPEQ 401: LKDKKRQMFL KTTAEGRLRA RQKRNEEELE KEKRNQLEEE RRRENPESYL EELQAQYKEV LERVEQKKRL KTNGSSNGNN KSGGIGRGER LSAAQRERMR 501: LLTTAAFDRG KGEDTFGSRD EDWQLYKLMS KDNDDDDEQP DSDEAELARL SSRLQEIDPT FVQKVEGELS QTSGEVPRVR PLTEEDYKIV IGIERFRCPE 601: ILFHPNLIGI DQVGLDEMAG TSIRRLPHDE KELEERLTSS ILMTGGCSLL PGMNERLECG IRMIRPCGSP INVVRAMDPV LDAWRGASAF AANLNFLGNA 701: FTKMDYDEKG EDWLRNYQIR YNYL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)