AT5G22010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : replication factor C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
replication factor C1 (RFC1); FUNCTIONS IN: DNA clamp loader activity, nucleoside-triphosphatase activity, DNA binding, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: DNA replication; LOCATED IN: DNA replication factor C complex, intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA replication factor RFC1, C-terminal (InterPro:IPR013725), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal (InterPro:IPR008921), DNA replication factor C, large subunit (InterPro:IPR012178), BRCT (InterPro:IPR001357); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT1G04730.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7280632..7287037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104384.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 956 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDIRKWFMK AHEKGNGSAP KSTSSKAGPV KNAAETAPIK SEQASEDLET ADRRKTSKYF GKDKTKVKDE KEVEAIPAKR KLKTESDDLV KPRPRKVTKV 101: VDDDDDDFDV PISRKTRDTT PSKKLKSGSG RGIASKTVDN DDDDDGEDKE TPLKSAGRGR GGRAAPGAST GGRGRGGGRG GFMNFGERKD PPHKGEKEVP 201: EGTPDCLAGL TFVISGTLDS LEREEAEDLI KRHGGRITGS VSKKTTYLLC DEDIGGRKSE KAKELGTKFL TEDGLFDIIR SSKPVKKSLP ERSNKGTEKI 301: CAPPKTSPQK EETRGKPLAK SSPKKVPPAK GKNKIIETSL PWTEKYRPKV PNEIVGNQSL VTQLHNWLSH WHDQFGGTGS KGKGKKLNDA GSKKAVLLSG 401: TPGIGKTTSA KLVSQMLGFQ AVEVNASDSR GKANSNIAKG IGGSNANSVK ELVNNEAMAA NFDRSKHPKT VLIMDEVDGM SAGDRGGVAD LIASIKISKI 501: PIICICNDRY SQKLKSLVNY CLPLNYRKPT KQQMAKRLMH IAKAEGLEIN EIALEELAER VNGDIRLAVN QLQYMSLSMS VIKYDDIRQR LLSSAKDEDI 601: SPFTAVDKLF GYNGGKLRMD ERIDLSMSDP DLVPLLIQEN YLNYRPSGKD EAKRMDLLAR AAESIADGDI INVQIRRYRQ WQLSQSCCVA SSILPASLLH 701: GSREVLEQGE RNFNRFGGWL GKNSTAGKNR RLMEDLHVHV LASRESSAGR ETLRVDYLPL LLSRLTSPLQ TLPKDEAVSE VVDFMNSYSI SQEDFDTILE 801: LGKFKGRENP MEGVPPPVKA ALTKKYNEMN KTRMVRVADM VQLPGVKKAP KKRIAAMLEP TVDSLRDEDG EPLADNEEGN GSDAEEDSEE ATDGEKLESN 901: LKNLNARGIQ VELDLKGAGS SGSRKAAGKG RGRGKAADTS AEKKATGRGS GAKRKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)