AT2G46440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide-gated channels | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of Cyclic nucleotide gated channel family. Positive regulator of resistance against avirulent fungal pathogen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide-gated channels (CNGC11); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding, cation channel activity; INVOLVED IN: response to fungus; LOCATED IN: membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-gated channel 12 (TAIR:AT2G46450.1); Has 2962 Blast hits to 2888 proteins in 221 species: Archae - 0; Bacteria - 24; Metazoa - 1476; Fungi - 2; Plants - 940; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 520 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19062082..19064628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71478.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 621 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLQRRKFVR LDSTGVDGKL KSVRGRLKKV YGKMKTLENW RKTVLLACVV ALAIDPLFLF IPLIDSQRFC FTFDKTLVAV VCVIRTFIDT FYVIHIIYYL 101: ITETIAPRSQ ASLRGEIVVH SKATLKTRLL FHFIVDIISV LPIPQVVVLT LIPLSASLVS ERILKWIILS QYVPRIIRMY PLYKEVTRAF GTVAESKRVG 201: AALNFFLYML HSYVCGAFWY LSSIERKSTC WRAACARTSD CNLTVTDLLC KRAGSDNIRF LNTSCPLIDP AQITNSTDFD FGMYIDALKS GVLEVKPKDF 301: PRKFVYCFWW GLRNISALGQ NLETSNSAGE IFFAIIICVS GLLLFAVLIG NVQKYLQSST TRVDEMEEKK RDTEKWMSYR EIPEYLKERI RRFEDYKWRR 401: TKGTEEEALL RSLPKDLRLE TKRYLFLKLL KKVPLLQAMD DQLLDALCAR LKTVHYTEKS YIVREGEPVE DMLFIMRGNL ISTTTYGGRT GFFNSVDLIA 501: GDSCGDLLTW ALYSLSSQFP ISSRTVQALT EVEGFVISAD DLKFVATQYR RLHSKQLQHM FRFYSLQWQT WAACFIQAAW KRHCRRKLSK ALREEEGKLH 601: NTLQNDDSGG NKLNLGAAIY A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)